يقع مقر إكبا في المدينة الأكاديمية الواقعة على بعد 25 كم جنوبي دبي، ويشغل أرض مساحتها 100 هكتار تتضمن المكاتب والمرافق البحثية وحقول التجارب.
خُصصت مساحة 35 هكتارًا من هذه الأرض للبحوث التطبيقية على الزراعة المروية، حيث ينفذ خبراؤنا تجارب باستخدام أنواع مختلفة من المياه تتراوح من المياه ذات النوعية الجيدة نسبيًا ذات الملوحة المنخفضة (2,000 جزء في المليون)، إلى المياه المالحة (20,000 جزء في المليون). ولعل خلط المياه ذات الملوحات المنخفضة والمرتفعة بنسب مختلفة يوفر تنوعًا من مستويات الملوحة التي تتراوح من المعتدلة إلى الشديدة. أما الأرض المخصصة للزراعة المروية فتُقسم إلى 13 حقلًا، مساحة كل منها 2,5 هكتار، بحيث يمكن مراقبة ملوحة الحقل حتى على مستوى أحواض التجارب. وقد زُوّد أحد الحقول بنظام "سكادا" المضبوط بوساطة الحاسوب بحيث يمكن من خلاله التحكم بكمية مياه الري وملوحتها في أي جزء من أحواض التجارب في الحقل. ويمكن توفير المياه عن طريق الري بالرذاذ، أو التنقيط، أو الري الفوار، أو الري المتنقل، مما يتيح للخبراء تكرار تشكيلة متنوعة من ممارسات الري. وتُخصص الأحواض ذات المياه منخفضة الملوحة لإكثار النباتات والبذور.
يقع المقر الرئيسي للمركز ومخابره ومرافق التدريب الخاصة به على مساحة 30 هكتارًا، حيث يشتمل المقر على مختبر التحاليل المركزي، ومختبر علوم الحياة الصحراوية، والبنك الوراثي، بالإضافة إلى مبنى التدريب والمحاضرات، والبيوت المحمية والبيوت المظللة، ومتحف الإمارات للتربة.
ثمة مساحة تصل إلى قرابة 35 هكتارًا من الأرض المخصصة لإكبا لا تزال غير مستثمرة، ما يجعلها بيئة فريدة لدراسات النباتات والحيوانات الأصلية.